Suomenlinnan Pursiseura ry perustettiin vuonna 1978. Sysäyksen yhdistyksen perustamiselle antoi nuorisotoiminnan aktivoituminen Suomenlinnaseuran alaisessa venekerhossa. 1970-luvulla oli rakennettu 12 optimistijollaa ja nuorisosta koulutettiin taitavia jollapurjehtijoita. Koska kilpailuihin osallistuminen edellytti kuitenkin kuulumista johonkin rekisteröityyn veneilyseuraan tuli yhdistyksen perustaminen ajankohtaiseksi. Niinpä keväällä 1978 pidettiin Suomenlinnan Pursiseuran perustava kokous kahdeksan aktivistin voimin. Nykyään jäseniä on hieman yli 200, joista nuorisojäseniä noin 40.

SuPS:n tukikohdaksi ja satamaksi muotoutui Varvilahden pohjoisranta sekä sen kiskoilla varustettu telakointialue Pirunkirkon edustalla. Satama- ja telakka-aluetta on rakennettu ja kunnostettu lähinnä talkoovoimin niin, että laituripaikkoja on nykyisellään käytössä noin 60 ja talvitelakointipaikkoja noin 40.

Toinen jollabuumi SuPS:n toiminnassa ajoittuu 2000-luvun alkuun, jolloin rakennettiin kahdessa erässä yli 20 optimistijollaa ja aloitettiin ohjatut jollapurjehdukset lapsille ja nuorille. Niinikään nuorten keskuudessa suuren suosion saanut purjehdusleiri on ollut toiminnan kulmakivi ja leirejä on järjestetty kesäkuisina viikonloppuina vuodesta 2003 alkaen. Kesällä 2023 Varvilahden satamaan saatiin uusi jollalaituri slipeineen.

Vuodesta 1985 SuPS on järjestänyt puuveneille tarkoitettua purjehduskilpailua Viaporin Tuoppia, johon osallistuu vuosittain toista sataa venekuntaa. Viaporin Tuopista on vuosien varrella kehittynyt merkittävä tapahtuma, joka on omalta osaltaan pitänyt yllä ja vienyt eteenpäin puuvenekulttuuria Suomessa. Tästä tunnustuksena Suomenlahden puuveneilijät ry. myönsi Pro Puuvene-palkinnon Viaporin Tuopille vuonna 2007. Vuonna 2020 Suomen purjehdus ja veneily ry:n jäsenäänestyksessä Viaporin Tuoppi valittiin vuoden veneilytapahtumaksi. Vuonna 2024 tullaan järjestämään jo 40. Viaporin Tuoppi. Regatta on myös yksi suurimmista puuvenetapahtumista Euroopassa.